El topónimo de Villa-Conancio ( Villa de Conancio), donde aparece el nombre propio de Conancio, que ya pertenecía a la onomástica hispanogoda y que, incluso está representada por el Obispo palentino Conancio (año 639), nos sugiere que, a pesar de que dicho topónimo sólo date de los siglos IX ó X, su tradición, tal vez, pueda remontarse a tiempos visigodos o mozárabes.
En el último tercio del siglo IX, las victoriosas hustes cristianas del Rey Don Alfonso III reconquistaron esta zona. Por esta época, o quizá, a principios del siglo X, sería repoblada esta villa. También fue levantada una fortaleza que enlazaría con las murallas que circundaban el casco antiguo de Villaconancio, para aumentar su eficacia defensiva. Dicha muralla poseería, por los menos, dos puertas almenadas. En los primeros tiempos de la reconquista de esta villa, la misma pertenecería sin duda, a un noble llamado Conancio.
En el siglo XI, durante el reinado de D. Fernando I «El Grande» (1037-1067), dicho monarca y los caballeros de la corte hicieron numerosas donaciones al Monasterio de Arlanza, entre las que figuraba el lugar de Villaconancio.
En el siglo XII, fue comenzada la construcción de la primitiva iglesia parroquial de San Julián, de esta villa, de estilo románico, de la cual aún se conserva su doble ábside. En 1163, el Rey D. Alfonso VIII donó al obispo de Palencia, D. Raimundo II, el castillo de Cevico Navero y su limítrofe de Villaconancio.
En el siglo XIII, parece ser que se terminó de edificar el primitivo templo parroquial de San Julián, de esta villa, de cuya época se conserva el arco toral. En 1345, el lugar de «Villa Conancio» pertenecía, en lo eclesiástico, al Arciprestazgo de Baltanás, Arcedianato de Cerrato y Diócesis de Palencia.
En 1352, el lugar de «Villa Conancio» pertenecía en lo civil a la Merindad de Cerrato, y era lugar solariego de Ruy González de Castañeda, de Doña Juana, mujer de Juan Rodríguez de Sandoval, y de los hijos de Sancho Manuel y de la Orden de Santa María de la Vid.